ब्रिटिश शासन के दौरान भारत में मोकोकचुंग क्षेत्र असम के नागा हिल्स जिले का हिस्सा था। नागा हिल्स जिले का मोकोकचुंग उप-जिला 1889 में बनाया गया था, और 1947 में भारत की स्वतंत्रता के बाद भी यह ऐसा ही रहा। नागा हिल्स जिला असम का एक जिला बना रहा जब तक कि 1957 में इसे और नॉर्थ-ईस्ट फ्रंटियर एजेंसी (अब अरुणाचल प्रदेश) के टुएन्सांग फ्रंटियर डिवीजन को मिलाकर केंद्रीय शासित नागा हिल्स टुएन्सांग क्षेत्र नहीं बनाया गया। उस समय मोकोकचुंग उप-जिला एक जिला बन गया, कोहिमा और टुएन्सांग जिलों के साथ तीन में से एक। फरवरी 1961 में नागा हिल्स टुएन्सांग क्षेत्र का नाम बदलकर ‘नागालैंड’ कर दिया गया, और दिसंबर 1963 में नागालैंड भारत का 16वां राज्य बन गया। अंत में दिसंबर 1973 में मोकोकचुंग से जुन्हेबोटो और वोखा के नए जिले बन गए, जिससे मोकोकचुंग जिले की सीमाएं आज जैसी हैं वैसे ही रह गईं।
